市农业科学研究中心内设机构共有11个，分别为办公室、人事科、计划财务科、总务科、科研科、粮食与油料作物研究所、园艺作物研究所、经济作物研究所、蚕业技术研究所、水产畜牧研究所、蔬菜研究所。

   （一）办公室。负责单位日常运转工作。承担文电、会务、调研、机要保密、政务公开、档案、信息、宣传、绩效、信访及重要文稿起草等工作；牵头负责单位内部制度建设和监督检查工作。
   （二）人事科。负责干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作。
   （三）计划财务科。负责财务、资产管理工作；负责单位科技发展规划工作。
   （四）总务科。负责基建、节能减排、安全保卫、环境卫生、农机维护等工作。
   （五）科研科。负责科研项目、科研仪器设施设备的综合管理及科技推广服务工作。开展生态农业、休闲农业、信息农业等现代农业的研究、应用与服务工作，开展农业农村发展中的重大课题研究。
   （六）粮食与油料作物研究所。开展粮油作物的基础研究和应用基础研究，以及相关农产品深加工、生物技术等领域研究与应用推广。
   （七）经济作物研究所。开展木薯、甘蔗、茶叶、中药材等经济作物和食用菌的基础研究和应用基础研究，以及相关农产品深加工、生物技术等领域研究与应用推广。
   （八）园艺作物研究所。开展果树、花卉等园艺作物的基础研究和应用基础研究，以及相关农产品深加工、生物技术等领域研究与应用推广。
   （九）蚕业技术研究所。负责协助制定全市桑蚕行业发展规划、生产统计等工作；负责桑蚕基础研究和应用基础研究，以及相关农产品深加工、生物技术等领域研究与应用推广。
   （十）水产畜牧研究所。开展水产、畜牧的基础研究和应用基础研究，以及相关农产品深加工、生物技术等领域研究与应用推广。
   （十一）蔬菜研究所。开展蔬菜的基础研究和应用基础研究，以及相关农产品深加工、生物技术等领域研究与应用推广。